ظهور آیین نوظهور داخلی، همچون آیین مانی و مزدک، علاوه بر آنکه موجبات نفوذ مذاهب خارجی چون مسیحیت و آیین بودایی را در قلمرو ساسانی فراهم آورد، بر هم خوردن نظم و توازن اجتماعی موجود را نیز نشان داد، و از تزلزل مبادی فکری جامعه ای خبر داد که مدعی وحدت اندیشه و ثبات فکری بود. در واقع، عدم موفقیت آیین رسمی در سوق دادن تمامی قلمرو ساسانی به سوی مذهبی واحد، از ماهیت نسبتا غیر ترویجی این مذهب به خصوص در آن دوران نشأت می گرفت؛ زیرا اصولا این آیین بیشتر به آریاییهای ایرانی اختصاص داشت و داعیه جهان شمولی نداشت و رؤسای آن داعیه نجات و رستگاری کلیه ابنای بشر را نداشتند.
آیین رسمی در دوران پایانی خود، کاملا جنبه دفاعی به خود گرفته بود و جزای خروج از این آیین قتل بود و یا حداقل موجب حرمان از ارث و محرومیت از حق مالکیت می شد. اگرچه طی فرمانهایی گذار از دینی و گرایش به دین دیگر منع شده بود، اما این دستور بیشتر متوجه زرتشتیان بود و از روحیه دفاعی آیین زرتشت و عقب نشینی در مقابل حریفان خبر می داد. در حقیقت آیین زرتشت در دوره های پایانی، شکوه و عظمت پیشین و شور و نشاط اولیه را از دست داده بود و تغییر کیش از آیین زرتشت به مسیحیت امری عادی بود ولی فقط در موارد معدودی از خلاف آن سخن رفته است، که آن هم به نظر می رسد بیشتر برای دستیابی به نعمات شاهی و لذات دنیوی بوده است. حتی پس از چندی، این آیین جذابیت خود را برای طبقات بالای جامعه نیز از دست داد؛ تا جایی که مثلا در روزگار خسرو اول، یک اسقف عیسوی به جرم اینکه چند تن از اعضای خاندان شاهی را غسل تعمید داده بود به مرگ محکوم شد.
بررسی جغرافیای مذهبی ایران مقارن با سقوط ساسانیان، علاوه بر اینکه نشان می دهد دین زرتشت رونق گذشته خود را از دست داده و ادیان جدیدی در جامعه ایجاد گردیده بود، از آمادگی روانی مردم برای توجه به آیینی جدید که افقهای نو را به روی آنها می گشود نیز حکایت می کند. در همین راستا با آنکه اطلاعات دقیقی از میزان نفوذ ادیان غیر زرتشتی در قلمرو ایران اواخر عهد ساسانی در دست نیست، این امر مسلم است که فشار روزافزون دیگر عقاید و آیینها بیش از پیش عرصه را بر پیروان زرتشت تنگ می کرد.
در واپسین روزهای عهد ساسانی کانونهای مسیحیت در سراسر قلمرو ساسانیان به چشم می خورد اما نفوذ آنها در استانهای غرب و جنوب غربی، به واسطه نزدیکی با مراکز مسیحی و همسایگی با روم و نیز به دلیل وجود اقوام سامی نژاد و اسکان اسرای رومی، به مراتب بیشتر بود. ساکنان این نواحی، که سرزمینشان از قدیم الایام صحنه تلاقی افکار و مذاهب گوناگون بود، به رغم مجاهدت روحانیون زرتشتی، ادیان دیگری داشتند و در حالی که اکثریت آنان را پیشه وران و بازرگانان تشکیل می دادند، مسیحیت در میانشان بیشتر گسترش یافته بود. آیین مسیح تا قرن چهارم میلادی علاوه بر ارمنستان در میان گروههای کثیری از مردم سوریه، اعراب بین النهرین و بخشهایی از ایران نفوذ کرده بود.
در خوزستان نیز مسیحیت به شدت تشکیل یافته بود، تا آنجا که انوشیروان نیز بر انبوهی آن قوم تاکید داشت. آیین نسطوری که از سوی امپراطوری روم تحت تعقیب بود، در همه جای شاهنشاهی ساسانی، مراکز اسقف نشین دایر کرد. نسطوریان بر آن بودند که علاوه بر گرگان و روی کانون تمامی فعالیتهای تبلیغاتی خود را در مرو، شهر مرزی و مهم خراسان ساسانی مستقر سازند. گرچه در این سرزمین دین رسمی کشور (آیین زرتشت بود) نفوذ مسیحیت از آن هم فراتر رفت به گونه ای که در سده بعد وقتی اعراب به بخارا وارد شدند، در آن شهر یک کلیسای مسیحی یافتند. علاوه بر نسطوریان، یعقوبیان نیز در ایران پایگاههایی داشتند. در عهد خسرو اول و دوم اسرای یعقوبی در خراسان و سیستان، همچنین گیلان و طبرستان اسکان داده شدند و در واپسین روزهای حکومت ساسانیان، اسقف نشینهای یعقوبی در هرات، سیستان و آذربایجان نیز تاسیس شده بودند و شمار مسیحیان در این زمان در استانهای بین النهرین، ارمنستان و گرجستان که فرمانبردار ایرانیان بودند بیشتر بود و مسیحیت در ایران چنان ریشه دوانده بود که برخی برآنند که اگر اسلام نرسیده بود، مسیحیت جایگزین آیین زرتشت می شد.
با استقرار تدریجی ترکان در نواحی شرق و شمال شرق ایران، آیین بودا نیز به توسعه مراکز تبلیغی خود پرداخت و در شهرهای خراسان شرقی گسترش یافت؛ زیرا حاکمیت ساسانیان در شرق ایران تضعیف شده بود و بودائیان از جانب ترکان که بیش از همه با آنان همان بودند، کمتر احساس خطر می کردند. به این ترتیب فعالیت بودائیان، همچون تبلیغات مسیحی، در سغد و ماوراء النهر، که مانند بین النهرین محل برخورد آراء و افکار گوناگون و مأمن و پناهگاه مخالفان آیین رسمی به شمار می رفتند، خصوصا در میان ترکان رواج یافت؛ و تنها در میان ایرانیان ساکن آن نواحی که به دین زرتشت به نوان میراث پدرانشان وفادار بودند، گسترش چندانی نیافت.
گسترش آیین بودا به حدی بود که تا هرات هم پیش رفت. طی کاوشهایی در مرو، کتابی بودایی به زبان سانسکریت پیدا شد به همراه آثار دیگری که از وجود یک دیر بودایی در پایان عهد ساسانی حکایت می کرد. به هر حال، در نواحی شرق خراسان، آیین بودا بیشترین نفوذ مذهبی و فرهنگی را در دوره های پیش از اسلام دارا بود. و این گرایش در شرق نشان می دهد که طبع ایرانیان شرقی نیز با ساسانیان چندان سازگار نبوده است.
گرچه یهودیان هم مانند مسیحیان، مورد کینه و عداوت پیروان دین زرتشت قرار داشتند، اما به ایشان همچون مسیحیان، به چشم عمال دشمن نگاه نمی کردند؛ زیرا دین یهود، دینی تبلیغی و تبشیری نبود و برای گسترش خود در میان جوامع دیگر نمی کوشید. یهودیان که از دیرگاه دشمنان سوگند خورده امپراتوری روم و در نتیجه از حامیان منافع ایران بودند، نه تنها خطر سیاسی برای دولت ساسانی محسوب نمی شدند، بلکه در مواردی، همچون واقعه حمله خسرو پرویز به اورشلیم، به حمایت از دولت ساسانی می پرداختند. از نظر اقتصادی نیز تجارت یهودیان مورد پشتیبانی و حمایت ساسانیان بود که آنان را چون وزنه ای در برابر روم شرقی قرار می داد. آنان نیز همانند بودائیان در بین النهرین پراکنده بودند و حتی به آن سوی بابل در شرق فرات نیز راه یافته بودند و مراکز یهودی نشین در اغلب بلاد ایران از جمله سلوکیه و تیسفون و اصفهان و همدان یافت می شد.
مانویه از پرنفوذترین، آیینهای بومی ایران بعد از مذهب رسمی بود که مخفیانه به حیات خود ادامه داد و وسعت نفوذ آن در ایران هنگامی آشکار شد که با سقوط ساسانیان مانویان برای عرضه مجدد خود فرصت یافتند. مانویان در ایران عهد ساسانی تحت تعقیب قرار گرفتند و بیشتر به ماوراء النهر گریختند و با آنکه آنجا نیز دین زرتشت دین حکام آن منطقه بود، مانویان همچون بودائیان و نسطوریان پناهگاه امنی یافتند و از آزادی نسبی برخودار گشتند. در حقیقت، گسترش نفوذ این مذهب در شرق و غرب امپراتوری ساسانی، از عمق و ریشه دار بودن آن در موطن اصلی خود حکایت می کند.
با قتل عام مزدکیان و رهبران آنان، این فرقه مخفیانه به حیات خود ادامه داد و ضربات سختی که بر پیکر آن وارد شد، مانع از تداوم اندیشه های مزدکیان تا قرون بعد، حتی در دوره اسلامی نیز نگردید. در همین رابطه، ابن ندیم، گزارشی از حضور گسترده مزدکیان وارثانشان (خرمدینان) در شهرهای مختلف ایران خصوصا در نواحی کوهستانی آذربایجان، دیلم، ارمنستان، حتی اصفهان و همدان ارائه می دهد.
گزارشهایی هر چند اندک از وجود فرق مختلف زرتشتی در اواخر عهد ساسانی، مبین وجود تفرق و تشتت، حتی در این آیین به ظاهر رسمی است. همچنین شک و تردید نسبت به عقاید موجود و بی میلی به اعتقادات کهن، از دیگر تغییرات اساسی ای بود که در نگرش مردم این عهد رخ نمود که خود این امر حاصل برخورد افکار و نیز شرایط جدید و نوظهور بود. از سوی دیگر امواج جریانهای عقلی و فلسفه یونانی در ادوار پایانی حکومت ساسانی بنیان اعتقادات کهن را به لرزه درآورد و اذهان بسته و راکد را به تاملی دوباره درباره ساختار اعتقادی خویش وادار ساخت.
رواج روز افزون اندیشه زروانی نیز، که اعتقاد به جبر و تقدیر را در اذهان زمزمه می نمود، به گونه بود که همراه با رشد تفکر بدبینی نسبت به دنیا محتوای برخی از رسالات و اندرزنامه های این عصر را به خود اختصاص داد. زهد و کناره گیری از دنیا نیز که نشانی از تاثیرات آیینهای عرفانی بر مردم ایران بود، شور و نشاط اولیه را از بین برد و دلمردگی و یأس را حاکم ساخت. از سویی اعتقاد به جبر چنان شیوع یافته بود که حتی در سخنان پادشاهی چون خسرو پرویز نشانی از آن یافت می شد. رشد این تفکر تا بدانجا بود که پارسیان، خود از زوال ملک خویش سخن می راندند و نشان آن را در وقوع زلزله ها و طوفانها می جستند.
در شریعت رسمی، بیش از اعتقاد و اندیشه به اعمال و رسوم توجه می شد و مردم از مهد تا لحد درگیر مقررات مذهبی بودند و هر فرد در طول شبانه روز، بر اثر اندک غفلت، دستخوش گناه و گرفتار پلیدی و نجاست می شد. تصلب و قشری نگری مذهب رسمی همراه با رسوم و آیینهای خشک و خسته کننده که از احکام رنج آور و بیهوده سرشار شده، و تاثیر خود را از دست داده بود، از دیگر دلایل گرایش به اسلام قلمداد شده است که خلاصگی و سادگی آیین و بی اعتباری کردن خون، نژاد، و امتیازات پدران از ویژگیهای بارز احکام فقهی آن بود. شایان توجه است که ایران تنها در نبرد نظامی در مقابل اعراب عقب نشینی نکرد، بلکه دین کهن و تشریفاتی زرتشت نیز می بایست در برابر آیین یکتاپرستی که سهولت و قابل فهم بودن احکامش آن را نیرومند ساخته بود، تسلیم می گردید.