چند تن از خوارج، که هم کین علی را به دل داشتند و هم کین معاویه را، روی به مکه نهادند. در آنجا سه تن از ایشان گرد آمدند و گفتند، علی و معاویه باعث پریشانی کار امت شدند. مردی گفت: «عمرو عاص نیز چنین است، بلکه هر فتنه ای از اوست.» اینجا بود که آن سه تن: عبدالرحمن بن ملجم مرادی، برک بن عبدالله و عمرو بن بکر تمیمی، همداستان شدند که، به ترتیب، به عراق و سوریه و مصر روند. و علی و آن دو تن دیگر را در یک شب (19 رمضان سال 40 هجری) بکشند. برک به شام رفت، و در شب معهود، به کمین معاویه ایستاد، و چون معاویه آمد و او شمشیر خود را فرود آورد، به ران معاویه خورد و کاری نشد.
عمرو تمیمی به مصر رفت، و در شب 19 رمضان، در مسجد، به کمین عمرو عاص (والی مصر) نشست. از قضا آن شب عمرو عاص بیمار شد و به مسجد نیامد. به جای وی قاضی مصر به نماز آمد، و طعمه شمشیر شد. البته (برخی از مطلعان این واقعه را اینگونه نپذیرفته اند. گفته اند، اینکه تنها امام در این ماجرا کشته شد، و معاویه و عمرو عاص کشته نشدند، دلیل این است که توطئه ای بوده است با اطلاع معاویه، به منظور کشتن امام علی بن ابیطالب.)
اما ابن ملجم، وی به کوفه آمد، و چون روزی چند به شب 19 ماه مانده بود، در محله خوارج منزل کرد. روزی، در خانه یکی از دوستان خود، با دختری از خوارج به نام «قطام» آشنا شد. بدو دل باخت و از او خواستگاری کرد. پدر و برادر قطام، در جنگ نهروان کشته شده بودند. از این رو وی نسبت به امام، سخت کینه می ورزید، و همواره در جستجوی فرصت انتقام بود. چون خواهش ابن ملجم را شنید، گفت: «مهر من سنگین است: کشتن علی!»
این امر تصمیم ابن ملجم را قطعی کرد. شب نوزدهم رسید. قطام در آن شب خود نیز به مسجد آمد، و چند تن دیگر را به یاری ابن ملجم فراخواند. اینان در انتظار صبح و در کمین امام بودند.
در آن ماه رمضان، علی (ع)، هر شب برای افطار به خانه یکی از فرزندان خود می رفت. شب نوزدهم به خانه دختر کوچکش، ام کلثوم آمد.
آن شب پدرم به خانه من آمد. ابتدا به نماز ایستاد. برای افطار سینی آوردم که تنها دو نان جو و یک ظرف شیر و کمی نمک در آن بود. پس از نماز به آن سینی نگریست و گفت: «دخترم! چرا دو نانخورش آورده ای، نمی دانی که من از رفتار پیغمبر پیروی می کنم؟ دخترم، در حلال دنیا حساب است و در حرامش عقاب. به خدا سوگند، تا یکی از این دو نانخورش را برنداری، افطار نمی کنم.» من ظرف شیر را برداشتم. او اندکی نان جو با نمک خورد. آنگاه شکر کرد، و باز به نماز ایستاد. در آن شب بسیار نماز می کرد و به درگاه خدا می نالید. و بسیار از اتاق بیرون می رفت و به آسمان نگاه می کرد و سوره «یس» می خواند. سپیده دمان به آهنگ مسجد بیرون آمد، در حالی که می گفت: «خدایا! مرگ را بر من خسته گردان.»
دم در خانه مرغابیهایی چند که در خانه داشتیم، در آن سحرگاه، پیش آمد و بر سر راه او بانگ و ناله می کردند و پر می زدند. خواستیم آنها را دور کنیم، فرمود: «واگذاریدشان! صیحه گرانند، که در پی آنها نوحه گران خواهند بود.» آنگاه درباره آن مرغابیها سفارش کرد: «دخترم! این پرندگان زبان بسته نمی توانند گرسنگی و تشنگی خود را اعلام کنند، یا از آنها مراقبت کنید یا آزادشان سازید.»
سپس امام در آن شب به مسجد آمد. قندیلهای مسجد خاموش بود. در تاریکی رکعتی چند نماز خواند. سپس دعای تعقیب خواند و دعا کرد. آنگاه بر بام و بر مؤذنه مسجد برآمد، و اذان گفت. چون آن حضرت اذان می گفت، هیچ خانه ای در کوفه نبود مگر اینکه صدای اذان به آن خانه می رسید. امام از مؤذنه به بام آمد. و بالای بام مسجد پیوسته خدا را یاد کرد، و «لا اله الاالله» می گفت، و بر پیامبر اکرم درود می فرستاد. آنگاه به زیر آمد در حالی که این شعر را زمزمه می کرد:
حلوا سبیل المومن المجاهد
فی الله یعبد غیر الواحد
و یوقظ الناس الی المساجد
از سر راه این مؤمن مجاهد راه خدا کنار روید!
او که جز خدای یگانه کسی را نمی پرستد،
او که مردمان را، به هنگام صبح صادق، بیدار می کند،
تا به مسجدها روند و نماز بخوانند.
آنگاه خفتگان را بیدار کرد. ابن ملجم نیز در میان مردم خود را به خواب زده بود و به رو خفته بود، در حالی که شمشیری زهرآلود در زیر جامه پنهان داشت. چون امام به او رسید، فرمود: «اینگونه مخسب! این خواب شیاطین است.»
سپس به محراب رفت و به نماز ایستاد. ابن ملجم و شبیب (که به کمک وی آمده بود) خود را به محراب نزدیک کردند. چون امام، سر از سجده رکعت اول نماز برداشت، شبیب، شمشیر خود را فرود آورد، لیکن به طاق محراب خورد. در این لحظه ابن ملجم با شتاب پیش آمد، و شمشیر سنگین و زهرآلودش را بر فرق امام فرو کوفت...
علی، در آن لحظه، با فرق خون آلود، در محراب مسجد کوفه، با کمال توجه به عظمت شهادت، و معنویت زندگی خویش، و پاکی مرگی از نوع مرگ خود، فریاد زد: «فزت و رب الکعبه؛ به پروردگار کعبه سوگند کامیاب شدم.»
مردم برآشفتند.
ابن ملجم را گرفتند و نزد امام حسن (ع) آوردند. علی درباره ابن ملجم سفارش کرد:
«با او مدارا کنید، و از هر چه خود می خورید به او بدهید، و بر اضطراب و هراسناکی او رحم کنید.»
امام را پس از اینکه از محراب به میان صحن مسجد آوردند، به خانه بردند. مردم شهر همه آگاه شدند و به سوی خانه امام سرازیر گشتند. حال امام مساعد نبود. کمتر کسی را اجازه دیدار می دادند. حال بدین گونه می گذشت. خاندان امام و دیگر مردم، از درد و غم این مصیبت بزرگ، بی تاب بودند. امام خود، از فشار در د و سوز زهر، در تب و تاب به سر می برد.
چون لحظه ای آرام می یافت فرزندان خویش و دیگر یاران را پند می داد، و طریقه دین و تقوی را گوشزد می کرد. گاهی مدهوش می شد و گاه به هوش می آمد. یکبار که به هوش آمد، امام حسن کاسه ای شیر به دست او داد. امام آن کاسه شیر را گرفت، اندکی خورد، و فرمود بقیه آن را برای ابن ملجم ببرند، و دوباره درباره ابن ملجم و آب و خوراک او سفارش کرد. و سرانجام امام علی (ع) در شب 21 ماه مبارک رمضان به دیدار محبوبش شتافت.