یکی از مشکلاتی که این منطق به وجود آورد، در مسائل معنوی و مسائل مذهبی بود، یعنی در مسائلی که نمی توان آنها را در عمل آزمود. مثلا اگر بخواهیم سخن کسی را که فرضیه روح را مطرح می کند و می گوید "انسان علاوه بر این جسم و ابعاد جسمانی دارای یک حقیقتی است که به موجب آن "خود آگاه" و "جهان آگاه" است بر اساس منطق ارسطویی بسنجیم، ممکن است بگوئیم: به چه دلیل؟ او دلیلی بیاورد که آن دلیل هم از نوع شناخت باشد، و اگر آن دلیل هم احتیاج به دلیل داشت، برای آن هم دلیل بیاورد تا به شناخت های خود معیار برسد، و بعد بگوئیم قبول است. یا کسی می گوید: "عالم خدایی دارد".
این خودش یک اندیشه نظری است، یک شناخت نیازمند به معیار است. از او می پرسیم: به چه دلیل عالم خدایی دارد؟ دلیل می آورد. برای این دلیل، دلیل دیگری می آورد تا در نهایت امر به اندیشه های خود معیار می رسد و مطلب ختم می شود.
اما اگر گفتیم فقط با معیار عمل می توانیم حقیقی بودن یک اندیشه را بسنجیم درباره این نوع اندیشه ها چه باید بگوییم؟ ما نمی توانیم این نوع اندیشه ها را در عمل، مثلا در لابراتوار بیازمائیم، برویم ببینیم در آنجا خدا را پیدا می کنیم یا پیدا نمی کنیم!
اگر در لابراتوار چیزی را پیدا کنیم و بگوئیم این خداست، همان وقت است که دیگر خدا، خدا نیست، چون اگر چیزی در لابراتوار باشد مخلوق محدودی مثل همه مخلوقات دیگر است*. عده ای که با انصاف تر بودند گفتند وقتی که تنها معیار شناخت عمل است و شناخت هایی داریم که در عمل نمی توانیم بفهمیم درست است یا نادرست (چون قابل آزمایش نیست) پس در اینجا می گوئیم: "نمی دانیم".
این بود که این فکر در اروپا پیدا شد که علم بشر در مسائل معنوی و مذهبی پاسخی ندارد، می گوید: "نمی دانم": علم امروز می گوید معیار شناخت حقیقی و شناخت غلط، هر دو، عمل است، یعنی اگر در عمل، مطابق در آمد درست است و اگر مخالف در نیامد غلط است، پس در مورد آن نوع فرضیه ای که در عمل نمی شود آن را پیاده کرد و نمی توان فهمید که اینطور هست یا نیست یعنی عمل نمی تواند معیار آن باشد، می گوئیم: "نمی دانم".
عده ای دیگر پا را از این هم فراتر گذاشتند، گفتند: هر چه که در عمل بتوان آن را محک زد، با محک عمل بتوان آن را تعیین کرد، حقیقی است و هر چه که با محک عمل تعیین نشود ولو عمل آن را نفی هم نکند، دروغ است. مادیون حرفشان این است که همین قدر که عمل (اندیشه ای را) تأیید نکرد می گوئیم دروغ است و تأیید نکردن عمل گاهی به این صورت است که عمل، خلافش را تأیید می کند و گاهی به این شکل است که نه تأیید می کند و نه انکار.
*(شخصی) گفته است: من روح را آن وقت قبول می کنم که در زیر چاقوی جراحی خودم پیدا کنم، یعنی اگر بعد از دو ساعت از مرگ کسی، روح او را در سالن تشریح پیدا کردم آن وقت وجود روح را قبول می کنم. (باید به او گفت): اولا او چند ساعت است که مرده و دیگر روحی ندارد و ثانیا اگر تو چیزی هم در زیر چاقو پیدا کنی آن دیگر روح نیست، جسم است.